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論文中臨床資料整理太麻煩,其實完成table1只需不到10分鐘
整理資料如何做表格
介 紹
通常醫學科研論文的第一張表格彙總的是研究物件基線資料,也稱為
Table1
,下面我們一起看一下NEJM上一篇文章的table1。
上面這張表格給出了不少內容,有的文章table1還會提供組間比較的
p值
。
大家有沒有信心,10分鐘完成table1?
有的先開啟SPSS軟體,快速進行統計描述和分析,然後把結果複製到Excel裡,再整理成table1,拼出了當年打遊戲的手速。
掐指一算,就算再快,
至少也得需要2-3個小時
,對於統計不那麼在行的人來說,
可能一天,也未必能搞定
。如果辛辛苦苦完成table1,之後又發現數據有些問題,需要更新資料,那就更慘了,一模一樣的操作再做一遍,可能心理都有
創傷
了。
整理table1花這麼多時間和精力,而且還可能面臨
返工
的風險,到底有沒有辦法快速完成table1呢?
軟體操作
下面我們一起來看下,如何使用R語言
輕鬆快速
完成table1。
1、資料匯入R軟體
首先把資料從Excel中複製進Rstudio中,使用str命令檢視資料集的樣本量、變數數、以及各個變數的型別,使用head命令檢視資料集的前六行。
2、分類變數因子化:
使用factor命令把分類變數因子化,使用str命令檢視各個變數的型別,使用head命令檢視資料集前六行。
3、整體統計描述:
使用createTableOne命令生成tableone,並使用print命令列印到Console中,使用write。csv命令儲存到工作資料夾中
4
、按性別分組統計描述並進行組間比較。
假設age、a、testb不符合正態性,bmig組間比較需要用精確機率法,使用createTableOne命令生成tabletwo,並使用print命令列印到Console中,使用write。csv命令儲存到工作資料夾中。
5、按bmig分組統計描述並進行組間比較。
假設age、a、testb不符合正態性,sex組間比較需要用精確機率法,使用createTableOne命令生成tabletwo,並使用print命令列印到Console中,使用write。csv命令儲存到工作資料夾中。
寫在後面:
數值變數,符合正態性,用均數(標準差)表示,採用t檢驗比較組間差異;不符合正態性,中位數(四分位數間距)表示,採用Man-Whitney U檢驗比較組間差異。分類變數採用頻數(百分比)表示,採用卡方檢驗或精確機率法進行比較組間差異。
多組比較,數值變數,符合正態性,用均數(標準差)表示,採用方差分析比較組間差異;不符合正態性,用中位數(四分位數間距)表示,採用kruskal。test 檢驗比較組間差異。分類變數採用頻數(百分比)表示,採用卡方檢驗或精確機率法進行比較組間差異。
tableone命令確實強大,能透過對引數的設定,完成上面的統計描述和統計分析,可以大大節省我們的精力和時間。
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